Efektívny výkon úloh zboru musí vychádzať z poznania skutočnosti založeného na analýze faktov a dôkazov (evidence based policy).  Ciele, úlohy a výskumné zámery v oblasti penologického výskumu zboru sú uvedené v „Koncepcii aplikovaného penologického výskumu na roky 2016 až 2026 a dlhodobá orientácia analyticko-výskumnej činnosti v podmienkach Zboru väzenskej a justičnej stráže“.

Základné ciele aplikovaného penologického výskumu v podmienkach zboru:

1. Odborne skúmať penitenciárne prostredie (jeho aktuálne problémy a výzvy do budúcnosti) vo vzťahu k väzneným osobám a väzenskému personálu, a tak naplniť analyticko-výskumné zámery koncepcie.
2. Na základe výsledkov primárneho cieľa navrhovať zmeny legislatívnych noriem a metodicky napomáhať ich implementácii v praxi.
3. Vykonávať odbornú činnosť zboru navonok a pokračovať v budovaní profesionálneho sebavedomia zboru dovnútra.

     Aktuálne zbor realizuje vlastné výskumné projekty – „Výskumný projekt „Hodnotenie rizika sociálneho zlyhania“ a „Aspekty penologickej recidívy odsúdených po udelení amnestie“. Popri vlastných výskumných projektoch venuje zbor pozornosť aj projektovým partnerstvám s externými vedecko-výskumnými inštitúciami (napr. projekt Právnickej fakulty UK „Hodnotenie implementácie a budúceho vývoja sankčného mechanizmu po 10 rokoch účinnosti trestných kódexov v SR“).

     Súčasťou koncepcie penologického výskumu je aj podpora študentov vysokých škôl pri písaní ich záverečných prác, ktoré sú v súlade s oblasťami orientácie analyticko-výskumnej činnosti uvedenými v „koncepcii“. Študent, ktorého záverečná práca je v intenciách výskumných zámerov uvedených v koncepcii, môže podať písomnú žiadosť o realizáciu výskumu. Táto žiadosť sa podáva riaditeľovi konkrétneho ústavu, v ktorom chce výskum, prieskum, dotazník realizovať a musí obsahovať:

1. presné označenie a kontakt na žiadateľa,
2. názov témy práce, ktorej obsahom má byť predmetný výskum,
3. potvrdenie o štúdiu na vysokej škole, kontaktné údaje na vedúceho (školiteľa) práce,
4. stručný projekt realizácie výskumu (časový harmonogram, predpokladaný počet respondentov, požiadavky na výskumnú vzorku, metódy výskumu, materiálne zabezpečenie, návrh personálneho zabezpečenia a podobne),
5. krátke odôvodnenie zámeru výskumu, vrátane hypotéz (ak boli stanovené),
6. samotný dotazník alebo anketu, ak patria k metódam výskumu,
7. súhlas žiadateľa s poskytnutím jedného výtlačku záverečnej práce pre potreby Generálneho riaditeľstva zboru a publikovaním záverov výskumu v rezortnom časopise zboru Zvesti.,
8. súhlas žiadateľa so spracovaním osobných údajov uvedených v žiadosti o realizáciu výskumu na účely evidencie schválených výskumov a z nich vyplývajúcich záväzkov udelený Generálnemu riaditeľstvu zboru a ústavu.