Efektívny výkon úloh zboru musí vychádzať z poznania skutočnosti založeného na analýze faktov a dôkazov (evidence based policy). Ciele, úlohy a výskumné zámery v oblasti penologického výskumu zboru sú uvedené v „Koncepcii aplikovaného penologického výskumu na roky 2016 až 2026 a dlhodobá orientácia analyticko-výskumnej činnosti v podmienkach Zboru väzenskej a justičnej stráže“.
Základné ciele aplikovaného penologického výskumu v podmienkach zboru:
Aktuálne zbor realizuje vlastné výskumné projekty – „Výskumný projekt „Hodnotenie rizika sociálneho zlyhania“ a „Aspekty penologickej recidívy odsúdených po udelení amnestie“. Popri vlastných výskumných projektoch venuje zbor pozornosť aj projektovým partnerstvám s externými vedecko-výskumnými inštitúciami (napr. projekt Právnickej fakulty UK „Hodnotenie implementácie a budúceho vývoja sankčného mechanizmu po 10 rokoch účinnosti trestných kódexov v SR“).
Súčasťou koncepcie penologického výskumu je aj podpora študentov vysokých škôl pri písaní ich záverečných prác, ktoré sú v súlade s oblasťami orientácie analyticko-výskumnej činnosti uvedenými v „koncepcii“. Študent, ktorého záverečná práca je v intenciách výskumných zámerov uvedených v koncepcii, môže podať písomnú žiadosť o realizáciu výskumu. Táto žiadosť sa podáva riaditeľovi konkrétneho ústavu, v ktorom chce výskum, prieskum, dotazník realizovať a musí obsahovať: