Pri zaobchádzaní s odsúdenými a plnení úloh spojených s programom zaobchádzania zbor spolupracuje so štátnymi orgánmi, orgánmi územnej samosprávy, právnickými osobami, fyzickými osobami, záujmovými združeniami občanov, cirkvami, náboženskými spoločnosťami, nadáciami a charitatívnymi organizáciami, ktoré pôsobia v súlade so všeobecne záväznými právnymi predpismi; podmienkou je súhlas riaditeľa ústavu a v určených prípadoch aj predloženie projektu. Spolupracujúce organizácie sa môžu podieľať najmä na

• riešení sociálnych problémov odsúdeného pri vytváraní priaznivých podmienok po prepustení z výkonu trestu,
• organizovaní, zabezpečovaní a uskutočňovaní kultúrno-osvetových činností a vzdelávaní,
• materiálno-technickom vybavení priestorov na vzdelávanie, pre športovú a záujmovú činnosť,
• podpore a pomoci pri uplatňovaní nových metód a spôsobov resocializácie, uskutočňovaní odborných seminárov a špecializovanej prípravy personálu na zaobchádzanie s odsúdenými.

V prípade záujmu o spoluprácu sa môže organizácia obrátiť sa konkrétny ústav.